โรงเรียนนาฮีนุเคราะห์เดิมมีชื่อว่า "โรงเรียนประชาบาลตำบลนาฮี 1 ได้อาศัยศาลาวัดเป็นอาคารเรียน
ต่อมาในปีพ.ศ.2475 คณะกำนัน ผู้ใหญ่บ้านและราษฎรได้ร่วมมือกันปลูกสร้างอาคารเรียนเป็น
เอกเทศชั่วคราว พร้อมกับเปลี่ยนชื่อเป็น"โรงเรียนประชาบาลตำบลนาฮีนุเคราะห์"
พ.ศ.2506 โรงเรียนได้รับจัดสรรงบประมาณจากทางราชการเพิ่มเติม และได้สร้างอาคารเรียนถาวร
ขึ้น ในบริเวณหนองนาหม่อง(สถานที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน) ในวันที่ 1 ตุลาคม 2509 ได้โอนจาก
กระทรวงศึกษาธิการ ไปขึ้นตรงต่อองค์การบริหารส่วนท้องถิ่น กระทรวงมหาดไทย และเปลี่ยนชื่อเป็น
"โรงเรียนนาฮีนุเคราะห์" สังกัดอยู่กับองค์การบริหารส่วนจังหวัดหนองคาย
พ.ศ.2516 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนหลังที่สอง
พ.ศ.2522 ได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนแบบองค์การ
พ.ศ.2523 ได้โอนมาอยู่ในสังกัดของ สปช.
พ.ศ.2546 ได้โอนมาอยู่ในสังกัดของ สพฐ.
ปัจจุบันโรงเรียนนาฮีนุเคราะห์ มีนายเสถียร ผาณิบุศย์ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน